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解决OpenMPI的"Authorization required, but no authorization protocol specified"错误提示

最近在用OpenFOAM和SU2提交计算时,反复出现"Authorization required, but no authorization protocol specified"报错信息。尽管不理会它最终还是能完成计算,但总是出现的报错信息让人心里不安。

怀疑是OpenMPI的问题,通过以下命令验证:

mpirun -np 2 hostname

果然出现报错信息:

9369ef647d5aff57821c1d728ec4eca1.png

翻阅网上信息,比较靠谱的解决方案是这个1:在Slurm脚本中增加以下环境变量:

export HWLOC_COMPONENTS=-gl

测试一下,报错问题解决了:

b3c56243fce578a837d01d68ab24e935.png

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Andrew Moa

Ubuntu编译安装SU2

SU2 是一款由斯坦福大学航空航天学院开发的开源CFD求解器,基于C++和Python开发,定位类似于OpenFOAM,但不支持多面体网格。相比OpenFOAM,SU2在高速可压缩流方面的求解更有优势。

下载SU2源代码:

mkdir $HOME/su2code && cd $HOME/su2code
# 只clone最近commit版本,加快下载速度
git clone https://github.com/su2code/SU2.git --depth=1

定义环境变量,新建配置文件su2.env

touch $HOME/su2code/su2.env
chmod +x $HOME/su2code/su2.env
vim $HOME/su2code/su2.env

su2.env文件中加入以下内容,保存退出:

#!/bin/sh

# 定义SU2环境变量
export SU2_RUN=$HOME/su2code/bin	# 编译完成后su2的安装路径
export SU2_HOME=$HOME/su2code/SU2	# 下载su2的源码的文件夹路径
export PATH=$PATH:$SU2_RUN
export PYTHONPATH=$SU2_RUN:$PYTHONPATH

编译程序的配置文件meson_options.txt位于SU2源代码文件夹下,根据自己的需求调整其中的编译选项:

vim $HOME/su2code/SU2/meson_options.txt

这里打开mpi和blas支持,修改以下两行的value:

option('with-mpi',   type : 'feature', value : 'enabled', description: 'enable MPI support')
option('enable-openblas', type : 'boolean', value : true, description: 'enable BLAS and LAPACK support via OpenBLAS')

如果是Intel的机器,建议打开mkl支持。

默认支持的blas库是openblas,要先下载openblas库:

sudo apt install libopenblas-dev -y

进入下载的源码目录,运行编译程序

# 载入环境变量
source $HOME/su2code/su2.env
# 进入源码文件夹
cd $SU2_HOME
# 配置编译器,生成ninja构建文件
# 配置过程中会自动从git上下载外部依赖
# 非常花时间……
./meson.py build --prefix=$SU2_RUN/..
# 开始编译并安装
./ninja -C build install

验证是否安装成功:

SU2_CFD --help

安装成功会输出软件版本号和帮助信息。

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求解器验证对比——旋转和静止同心圆柱之间的层流

本文采用不同CFD求解器,对层流流动问题进行验证。通过列举不同求解器的操作过程和输出结果的差异,验证各个求解器的精度。


1. 问题描述

如下图,建立两个同心圆柱间的定常层流模型。流动由内筒以恒定角速度旋转而引起,而外筒保持静止。使用周期性边界,只需要对流域的一部分进行建模。物理模型和输入数据如下表所示。

20210814-1-1.png

来源 Ansys验证算例
参考文献 F. M. White. Viscous Fluid Flow. Section 3-2.3. McGraw-Hill Book Co., Inc.. New York, NY. 1991.
物理模型 层流,旋转壁面

流体物性参数、几何尺寸和边界条件如下表所示。

特征 单位 参数
流体密度 kg/m^3 1.0
流体粘度 kg/m-s 0.0002
内圆柱半径 mm 17.8
外圆柱半径 mm 46.28
内圆柱转速 rad/s 1.0

本文所用求解器和输入模型如下。

求解器 输入模型
Ansys Fluent 2020R2 VMFL001_rot_conc_cyl_2D.msh
Ansys CFX 2020R2 VMFL001_rot_conc_cyl_3D.msh
Siemens STAR-CCM+ 2020.2.1(15.04.010-R8) VMFL001_rot_conc_cyl_2D.msh
OpenFOAM v2006 VMFL001_rot_conc_cyl_2D.msh
SU2 v7.1.1 VMFL001_rot_conc_cyl_2D.cgns

2. Fluent验证

2.1 求解器设置

打开Fluent,选择2D求解器。网格数量较少,只用1个处理器核心运行。

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